传染病医院（含带传染病房综合医院）应设专用化粪池。被传染病病原体污染的传染性污染物，如含粪便等排泄物，必须按我国卫生防疫的有关规定进行严格消毒。消毒后的粪便等排泄物应单独处置或排入专用化粪池，其上清液进入医院污水处理系统。 不设化粪池的医院应将经过消毒的排泄物按医疗废物处理。
新（改、扩）建医院，在设计医院污水处理系统时应考虑将医院病区、非病区、传染病房、非传染病房污水分别收集。现有医院应尽可能将受传染病病原体污染的污水与其他污水分别收集。特殊性质污水（如含重金属废水、含油废水、洗印废水等）应单独收集，经预处理后与医院污水合并处理，不得将特殊性质污水随意排入下水道。
放射科废水、感光废水，由专业公司回收处理。放射科其他废水经过衰减池静置2个月后方可排入综合污水处理系统。
医院污水二级处理：二级处理工艺流程为“格栅→预曝气调节池→新型UBR系统→接触消毒”。医院污水通过化粪池进入预曝气调节池。预曝气调节池前部设置自动格栅。调节池内设提升水泵，污水经提升后进入新型UBR系统进行生物处理和污泥沉淀，出水进入接触池消毒，出水达标排放。
