医院的污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此，必须经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
1、医院污水水质特点
医院污水的水质特点是含有大量的病原体──病菌、病毒和寄生虫卵。如结核病医院污水，每升可检出结核杆菌几十万至几百万个。医院污水还含有消毒剂、药剂、试剂等多种化学物质。利用放射性同位素医疗手段的医院的污水还含有放射性物质。医院污水的水量与医院的性质、规模及所在地区的气候等因素有关，按每张病床计一般为每天200～1000升。
医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒（见水的消毒、废水氧化处理法）。
医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。中国的《放射性防护规定》要求每一微居里放射性同位素达到容许排放浓度需稀释水量1.67米3。当放射性污水浓度很高,放射性的半衰期很长，不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理（见放射性废水处理）。
医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7～1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70～80%，必须进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能（高温堆肥），有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理（见污泥焚烧）。化学药剂消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用漂白粉或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果最好。γ射线消毒可用60钴或一些裂变产物的混合物作辐射源，辐射剂量为20～30万伦琴。用此法对污泥消毒不产生臭气，并可改善污泥的脱水和沉降性，但费用较高。
2、医院污水处理方法
医院污水处理之曝气生物滤池法
医院污水主要来自诊疗室，病房，化验室，手术室，洗衣房，行政管理部门以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物为有机污染物，病原微生物及病毒。医院污水现在只经格栅除渣及消毒后处理既排放，采用二氧化氯消毒剂，余氯和细菌学指标能达标，但有机物未被去除。为了全面达标，医院增加了曝气生物滤池污水处理工艺处理污水。考虑到该医院污水处理厂占地有限以及水中含有一定量消毒剂的特点，决定采取负荷高，占地少，对进水有机物浓度范围适应性钱的曝气生物滤池工艺。
曝气生物滤池具有以下特点：
(1)有机负荷高，占地少
(2)生物量大，活性高，抗冲击能力强
(3)具有生物降解反应与过滤双重功能，不需二沉池
(4)由于滤料的切割作用，氧利用率高
(5)运行稳定可靠，管理方便
3、医院污水处理之氯化法
(1)次氯酸钠法。次氯酸钠是普通的化学试剂，起运输，储存和购买都比较方便。次氯酸钠溶于水生产次氯酸根离子，可用于消毒杀菌，但它不稳定，光照，受潮易于分解，消毒能力很弱。
(2)液氯法。液氯在水中能迅速产生次氯酸根离子。该方法目前已广泛应用于医院的污水消毒。液氯中有效氯含量比次氯酸钠溶液高5-10倍，消毒能力强且价格便宜。由于氯气是一种强刺激性有毒气体，因此要用专用的存储设备进行存储。
(3)二氧化氯法。二氧化氯是一种强氧化剂，它可以杀灭细菌，繁殖体，真菌和病毒等。有关研究表明，二氧化氯溶于水后，有50%-7o%转变为次氯酸根离子和亚氯酸根离子，对红细胞有损害，会干扰人体对碘的吸收，还可以使血液胆固醇升高。因此，目前一般用前两种方法处理医院污水。